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台灣隊在上屆世界棒球經典賽打出佳績，中華職棒與中華棒協從組訓起的諸多爭議同樣經典。
●2012年下半年產生總教練，中職與棒協就開始較勁，中職會長黃鎮台推薦的謝長亨在投票時，擊敗棒協選訓委員原本屬意的郭泰源；約3週後，中職宣布邀請郭源治擔任台灣隊技術顧問，棒協隨即宣布邀請林華韋、葉志仙、楊清瓏、郭泰源等人組成技術顧問團。
●2013年1月公辦熱身賽，台灣區有台灣、南韓、澳洲、荷蘭參加，棒協於開打10天前邀請中職4隊與外隊打熱身賽，被中職「時間倉促，不尊重中職球隊」婉拒；熱身賽期間，台灣隊常要往返不同場地，毫無地主優勢。
●晉級複賽赴東京的隔天，傳出台灣隊沒有早餐可吃，擔任新聞官的中職國際組副主任王雲慶打電話回報黃鎮台，黃鎮台立刻指示早餐費用由中職買單。事後了解，球員雖領取大聯盟發放的餐費，仍覺得有集體用餐的必要，負責後勤支援的棒協事前並未與教練團協調好。
●至於複賽的貴賓證，棒協只給中職1張，受邀者是副秘書長王惠民，而非會長黃鎮台，棒協澄清，經典賽官方沒發貴賓證，由主辦國處理，預賽中職申請30餘張都受理，複賽並未提出申請。中職稱複賽也有申請，包括黃鎮台在內共有6人。早在預賽開幕式時，黃鎮台與中職各隊領隊雖有貴賓證，但僅限於洲際球場看台使用，連貴賓室都進不去。
此外，大聯盟規定晉級複賽球隊出入公開場合須統一穿著西裝，棒協事前卻未訂製，台灣隊在返台接受總統接見前才領到。
台灣隊確定無法晉級4強決賽後，礙於球隊淘汰隔天必須返國之規定、球員希望與家屬同機的臨時要求，棒協無法取得足夠機位，致使全隊分成13批返台。
●台灣首次打進經典賽8強，棒協因行政疏失，未在奧運取消棒球項目、世界盃確定停辦後，以經典賽取代為國光獎金敘獎之賽事，致使賽後必須以專案處理。（記者徐正揚整理）
